Bir kurtarma görevi için uzayın derinliklerine gönderilen Atılgan uzay gemisi, Federasyon'a savaş açmış gaddar diktatör Krall tarafından pusuya düşürülür. Bilinmedik düşmancıl bir dünyaya zorunlu iniş yapan Kaptan Kirk, Spock ve gemi mürettebatı kaçma şansları olmadan birbirlerinden ayrı düşerler. Krall'ın ölümcül ordusunun galaksi çapında bir savaş başlatmasını önlemek için verilen zamana karşı yarışta, yalnızca isyancı bir uzaylı savaşçı olan Jaylah onların bir araya gelmelerine ve gezegenden bir çıkış yolu bulmalarına yardım edebilir.