Pokemon'un en heyecanlı maceralarından birine hazır olun! Dilekleri yerine getirebilen sihirli yaratık Jirachi ile tanışın... Her yüzyılda bir Dünya'nın yanından geçmekte olan Milenyum Kuyrukluyıldızı gökyüzünde göründüğünde, Jirachi derin uykusundan uyanır. Jirachi bu kez gezici bir sirkte uyanır ve etrafında pek çok yeni arkadaşı vardır: Ash, Pikachu, Max ve ekibinin kalanları... Ancak bir süre sonra kahramanlarımız Jurachi'yi şeytani güçlere sahip bir sihirbaz ile eski bir bilim adamı olan Butler'in elinden kurtarmak zorunda kalacaklardır. Butler, Jirachi'nin inanılmaz gücünü kullanarak tüm zamanların en güçlü Pokemonunu yaratmayı planlamaktadır...