Johto'nun uzaktaki yeni yerleri kutsal sular, yasaklanmış orman ve bir sır barındırmaktadır. Mewtwo ve süper klon pokemon arkadaşları nihayet rahatça çalışıp kendilerini geliştirebilecekleri ve onların işlerine burnunu sokan insanlardan uzakta yaşayabilecekleri yeni bir yer bulmuşlardır. Pokemon İlk Film'de Mewtwo, Mew'in klonlarıyla olan çarpışmasının tüm izlerini yok etmiş hatta kendi de ortadan kaybolmuştur! Giovanni hariç herkesin hafızası silinmiştir ve kötülüğün gücü Mewtwo'nun arkasındadır. Üçkağıtçı Roket takımının lideri Mewtwo'nun gizli sığınağını keşfeder. Şans öyle gösteriyor ki Ash, Pikachu ve arkadaşlarıda yakında Giovanni Mewtwo'yu acı veren bir mücadeleyle yüz yüze bırakır; İnsani otoriteye boyun eğmek yada süper klonlar gibi ayakta durmak.Savaş kesin görünmektedir, fakat içinde bulundukları durum güzel ortamlarına etkisini gösterir... Mewtwo'nun kaderi Ash'ın ellerindedir