16 yaşında Fransa kraliçesi olan Mary Stuart (Saoirse Ronan), 18 yaşında dul kalır ve omuzlarına yeniden evlenme baskısı yüklenir. Mary bunun yerine yurdu İskoçya'ya geri döner ve hakkı olan tahtı geri ister. Fakat İskoçya ve İngiltere'nin yönetimi, Mary’nin kuzeni olan etkileyici genç Kraliçe Elizabeth'in (Margot Robbie) yönetimi altındadır. İki genç kraliçe erkek egemen bir dünyada hem tahtta hem de aşkta rakip konumundayken bağımsızlığa karşı evlilik oyununu nasıl oynayacaklarına karar vermelidir. Bu süreçte yaşanan ihanetler, isyanlar ve entrikalar tarihin akışını belirleyecektir.