Matrix'te tasvir edilen olaylardan altı ay sonra, Neo, özgür insanlar için iyi bir kehanet olduğunu kanıtladı, çünkü giderek daha fazla insan Matrix'ten kurtulup Direniş'in tek kalesi olan Zion'a getiriliyor. Neo'nun kendisi, süper hız, Matrix'in içindeki şeylerin kodlarını görme yeteneği ve belirli bir dereceye kadar ön biliş gibi süper güçlerini keşfetti. Ancak bu direnişe kötü bir haber var: 250.000 makineli nöbetçi Zion'u kazıyor ve onlara 72 saat içinde ulaşacak. Zion nihai savaşa hazırlanırken Kahin Neo, Morpheus ve Trinity'ye Kaynağa ulaşmalarına yardım edecek Anahtarcı'yı bulmalarını söyler. Bu arada Neo'yu Trinity'nin ölümünü tasvir eden tekrarlayan rüyalar endişelendiriyor ve sanki bu yeterli değilmiş gibi, Ajan Smith bir şekilde silinmekten kurtulmuş, eskisinden daha güçlü hale gelmiş ve Neo'yu bir sonraki hedefi olarak belirlemiştir.