Rogue Warfare: The Hunt, terötistlerin ele geçirdiği liderlerini bulmak için zorlu bir mücadeleye girişen askerlerden oluşan seçkin bir ekibin hikayesini konu ediyor. Daniel, ABD askerlerinden oluşan seçkin bir ekibin lideridir. Ekip, biyoloji ve teknolojiyi kullanrak küresel güvenliği tehdit eden, dünyanın yok olmasına neden olabilecek bir terörsit grubun peşindedir. Tam da bu sırada teröristler Daniel'i ele geçirir. Ekip, çok geç olmadan liderlerini teröristlerin elinden kurtarmak için zorlu bir savaşa girişir.