Tehdit filmi günümüzden 30 yıl öncesinde, Afrika'da başlıyor. Amerikalı doktorlar ölümcül bir virüsün kuşattığı kasaba insanlarını kurtarmaya çalışırken, yüksek rütbelilerden birinin verdiği emirle orada bulunan herkes öldürülür. Savunma bakanlığının kökten çözdüğünü düşündüğü sorun, yıllar sonra yeniden baş gösterir ve dolambaçlı yollardan Yeni Dünya'ya giren virüs bir anda Amerikalıları esir alır. Olayı çözmek ise yeni boşanmış bir çift olan Sam Daniels (Dustin Hoffman) ve Doktor Robby Keough'a (Rene Russo) düşer.