Alternatif bir gerçeklikte, Japonya baskıcı bir düzenle yönetilmektedir. Kerberos isimli özel polis birimi, çeşitli terörist örgütleri engellemek için gizli bir şekilde faaliyet göstermektedir. Kerberos kuvvetlerinin birinci hedefi Sect isimli aşırı solcu terörist örgüttür. Kerberos, operasyonlarında ağır silah gücü ve güçlü donanım ile acımasız taktikler kullanmaktadır. Jin-Roh bu arka plan kurgusu içerisinde Sect bomba kuryesi Kei Amemiya ve Kerberos üyesi Kazuki Fuse'nin hikayesini anlatır. Sect, eylemlerinde kullanacağı bombaları "kırmızı başlıklı kızlar" adını verdiği kuryeler aracılığı ile hedeflerine yöneltmektedir * Jin-Roh, karanlık bir Kırmızı Başlıklı Kız eğretilemesidir. Film kurt konumundaki Fuse ile kırmızı başlıklı kız rolündeki Kei arasındaki trajik yakınlaşmayı anlatır.