Yaşadıkları hayvanat bahçesinde kendi düzenlerini kurmuş dört arkadaş hayatlarından çok mutludurlar. Aslan Kral Alex, Zebra Marty, Zürafa Melman ve Su Aygırı Gloria, şehrin ortasında kendi ormanlarını kurmuşlardır. Normal seyreden hayatları içlerinden birinin mecara arayışı yüzünden değişir. Zebra Marty merak ettiği dış dünyayı keşfetmek uğruna bir gece hayvanat bahçesinden kaçar. Onun yokluğunu fark eden arkadaşları çok sevdikleri dostlarını bulmak için yollara düşerler. Başlarına birbirinden komik olaylar gelen ekip, sonunda kendilerini Madagaskar adasında bulurlar. Ancak alıştıkları rahat düzenden uzak kalmak ve doğal yaşama uyum sağlamak onlar için pek de kolay olmayacaktır.